Att bestämma proteiners tredimensionella struktur med allmänhetens hjälp.

I grunden handlar det hela om att forskare känner till alla ingående aminosyror i ett protein, och man vet att den tredimensionella strukturen bestäms av sekvensen på de ingående aminosyrorna, och bestäms av i vilket läge som den interna energin är lägst, men det är svårt att utifrån aminosyrasekvensen bestämma dess tredimensionell struktur. Superdatorer arbetar med detta problem dagligen men det krävs extremt mycket datorkraft för dessa beräkningar. Därför utvecklade  professor David Baker vid University of Washington en skärmsläckare kallad Rosetta som utnyttjar användarens datorkraft när den är i viloläge för att förutsäga proteiners tredimensionella struktur. Flera hundra tusen användare har laddat ner skärmsläckaren.

Men datorer har inte människans förmåga att experimentera med nya oväntade kombinationer. Men det skulle bli alltför tidsödande för forskarna själva att sitta och testa sig fram.Vidare undrade flera av användarna om de kunde hjälpa datorerna att vecka proteinerna när de såg ett effektivare sätt än det som programmet försökte med. Men istället lät forskarna människorna själva försöka hitta den tredimensionella struktur där den interna energin är som lägst genom att de 2008 utvecklade ett spel, Foldit, som låter användarna modifiera proteiners tredimensionella struktur.  Spelet  går i praktiken ut på att spelare världen över ska försöka vika ihop ett protein på rätt sätt. Poäng delas ut baserat på den interna energinivån i strukturen och spelarna kan jämföra sina framsteg med andra spelare på nätet.

2010 publicerades i tidskriften Nature den första vetenskapliga artikeln kring framskridandet och som medförfattare står de drygt 57 000 Foldit-spelare som fram till 2010 bidragit till resultatet.

Genom att hitta nya proteinstrukturer tror man att man ska kunna hitta nya typer av biobränslen, effektivare antibiotika och kanske också botemedel mot cancer och andra sjukdomar.

Foldit finns till Windows, OS X och Linux.

Bli först med att kommentera

Skriv en kommentar

E-postadressen publiceras inte.


*